Самое простое: при установке плагина проверять наличие лицензии, кинув запрос на ваш сервер. Однако эту защиту можно легко обойти вырезав проверки. хотя, если дополнительно обфусцировать код, вероятность этого снизится.
но в любом случае, если кто-то сильно захочет посмотреть плагин - он это сделает, нет 100% защиты.