Возможно это и имеет смысл если например был узел c id "1", который прокачался в поисковиках, были закуплены сторонние ссылки на соответствующий узел, и тд. То есть, что-бы сохранился без лишних редиректов "авторитет в поисковиках" старого узла/урл. Особенно если уже стоит куча настроенных плагинов. Накат сверху не обнулит счетчик.
Если реально хочет создавать разделы "с нуля", то можно все узлы удалить, после просто поменять значение Auto Increment в таблице xf_nodes. Далее начать создавать узлы по новой.
Хотя сомневаюсь что автор четко понимает для чего ему это надо.