В конфиге можно поменять, но там полностью на папки поменяет пути.
data/ меняется через два параметра:
$config['externalDataPath'] - путь к папке на диске сервера
$config['externalDataUrl'] - ссылка на эту папку (ссылка, по которой она доступна из Интернета; может включать в себя домен)
internal_data/ - целиком внутренняя папка движка, которая в Интернет напрямую не торчит, потому тут только одна настройка:
$config['internalDataPath']. Это путь к папке на диске сервера.