Чем известнее FTP клиент, тем больше вероятность потери данных (если не учитывать ОС, Фаерволы, Антивити и пресловутое: "Не храните пароли в FTP клиенте").
Сам, по возможности использую SSH, клиенты вроде пресловутого FileZilla уже умеют работать с ним.