На пару форумах сталкивался с таким сообщением после апгрейта.
Причина была в несоответствии значений версий записанных в XF.php и БД
XF.php находится в директории src.
Записи БД находятся в таблице xf_upgrade_log.
Значения что-то типа 2020000
Корректное обновление движка должно сделать запись в эту таблицу БД и выставить там одинаковые значения.
Причин как я понял может быть несколько, долго их расписывать.
Просто для начала поиска откуда ноги растут нужно проверить этот момент.
Сейчас вспомнил, не много не правильно написал выше
В xf_upgrade_log нужно проверить значение поля last_step, оно должно быть чистое. Если там что-то есть, то движок в стадии апгрейта, будет выдавать сообщение - происходит обновление.
А проверка версии записанной в XF.php и БД, идет по другой таблице, xf_option где-то в blob-записях вроде. Если версии не совпадают, то сообщение тоже - происходит обновление