Искать старые корпуса когда блок питния вверху? Или как?
Никакой разницы. Новый и намного лучший стандарт это снизу, потому что хорошие БП и весят хорошо. Все упирается в корпус. Где сам БП будет разницы для вас никакой.
Я заметил что в новых корпусках очень мало места для HDD 3.5.
Потому что основной уклон идёт на подключение М.2 и SSD 2.5. Для хардов места стало меньше до 1-2 шт., чисто от того, что ставить ссд + hdd не рентабельно с точки зрения производительности, лично проводил тесты и в этом убеждался. Лучше харды держать отдельно от рабочего ПК. Если стоит цель собрать архивный комп, то лучше собирайте его на хардах и на базовом ссд под систему и не мучайтесь. Корпуса искать целенаправленно. Однако, вам необязательно смотреть харды 3.5 форм-фактора, ничто не мешает взять и 2.5. Разницы между ними никакой, кроме поддержки объёма, 3.5 предлагают более объёмные решения, чем 2.5. Это основная между ними разница. Как вы их расположили, вертикально, горизонательно, требований таких уже давно нет. Главное не под углом, вот это строгое замечание и важно закреплять на все болты т.к. гасит вибрацию. В остальном, вы легко можете собрать и на 2.5. Есть решения и готовым док станциями, но это дороже, экономней собрать б/у старичка, не поскупится на охлаждение корпусное и ваш архив будет жить с вами долго и счастливо.
Конечно, если задача собрать сервер, то можно собрать дешево и сердито, ничто не мешает. Смотря какое ТЗ у вас стоит.