Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Создаёте резервную копию файлов и базы данных своей установки (на случай если что-то пойдёт не так).
Если это какое-то мажорное обновление (2.1.х --> 2.2.x), то лучше заранее озаботиться так же вопросом и обновлённых дополнений. Потому что после обновления движка, выстрелить уже могут они.
Заливаете файлы из архива движка (и дополнений, если требуется) на сервер. Но есть нюансы, о них отдельно ниже.
Перепроверяете владельца файлов/папок и права на них.
проще тогда не дурить себе голову и не тратить время, а с 0 поставить 2.2.12 и ее настраивать.
Так как если там не было не пользователей и тем в общем, то не стоит и зря ломать голову.
На будущее - не править руками не чего, только модификация... и обновляться можно без проблем.