Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Троян есть троян. Бог его знает, что он там делает.
Плагин откуда скачивали, отсюда? Если да, то в нем трояна не могло быть.
Ищите место, откуда он взялся.
Избавиться легко - перезалейте файл.
UPD: хотя, откуда в js .php
Доступ никто кроме Вас не имел?
Да теперь только гадать. Может, стиллер подцепили, может еще чего. Если уж Вы не знаете, то мы подавно.
Если все качалось отсюда, то виноват в этом инциденте только администратор (Вы). А что Вы там делали, мы не знаем, оно нам и не нужно :)
UPD: Можно закрывать, думаю. Объяснил ТСу в лс, что это обычный бекдор для загрузки файлов на FTP и его достаточно просто удалить.