В общем посмотрев на случай
A1ex разобрался в чем проблема.
В админке, в разделе настроек - темы, обсуждения и переписки есть вот такая настройка:
Посмотреть вложение 32172
Она была установлена в 30 дней, поднял до года. А теперь объясняю: дополнение используют как раз эту служебную таблицу движка. Новый пользователь зарегистрировался, просмотрел тему - отметка хранится. Спустя 30 дней - она пропадает. В новых темах такой проблемы не видно, потому что там пользователи зашли в тему сразу после ее создания - внешне все хорошо. Но спустя все те же 30 дней, пользователи и из тех списков пропадали бы. То есть в уже существующих темах для существующих пользователей, у которых тема отмечена как прочитанная - ничего и не должно появиться. В тех списках теперь будут появляться только новые пользователи, которые зарегистрировались и тему не читали до этого момента. С новыми темами все будет хорошо.