Зачем копировать?
Просто залейте движок поверх уже установленного (не удаляя папки data, internal_data; конфиг (src/config.php)), и перейдите на /install/.
После ввода логина и пароля он сам увидит, что стояла раньше другая версия, и предложит обновиться. Всё.