полностью заливаются все файлы из папки
upload с заменой старых, после чего пройти по ссылке
Более подробно расписано здзесь:
Все вкладки-темы-сообщения останутся. Шаблон обновится самостоятельно, возможно не весь, но это можно будет сделать позже непосредственно в админке