Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Потому что выкладывается фулл нулл. А можно скачать фулл версию или же просто обновление. В обновление этих файлов нету просто и всё. И Оверрайдить .htaccess на проде и работающем проекте не найс будет.
И ничего не пропадает. Работайте под пользователем, не под рутом, правильные права, редиректы и все прочее нужно делать на уровне вышестоящего nginx, и тогда ничего подобного не будет
Кому как, а разработчики решили себя от головной боли избавить, сколько тут было тем, когда .htaccess перезаписывался и приходилось восстанавливать.
Про истории, когда фтп клиент перезаписывал data и internal_data, рассказывать не буду, они тоже ведь были, когда теряли вложения и прочее.
ftp - достаточно простой протокол, если не делается удаление перед записью, то все хорошо, это штатная функция и должна работать идеально. Плюс бекапы никто не отменял.